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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

ddRAD-seq

  • 产品介绍
  • 案例分享

ddRAD-seq (Double Digest Restriction-site associated DNA sequencing)


产品介绍:


简化基因组测序是指利用限制性内切酶打断基因组DNA,对特定片段进行高通量测序获得海量遗传多态性标签序列来充分代表目标物种全基因组信息的测序策略。ddRAD-seqRestriction-site associated DNA sequencing)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术流程简单,不受有无参考基因组的限制,可大大简化基因组的复杂性,减少实验费用,通过一次测序就可以获得数以万计的多态性标记。

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图:ddRAD-seq实验流程


技术流程:

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样本要求:

DNA样品量≥ 3μg,OD260/280:1.8-2.0


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:至少1×(组装样本至少5×) 


项目周期:

33个工作日


案例分享

《基于核苷酸、indel和存在-缺失多态性的ddRAD-seq系统发育分析》

ddRAD-seq phylogenetics based on nucleotide, indel, and presence–absence polymorphisms: Analyses of two avian genera with contrasting histories. Molecular Phylogenetics & Evolution, 2016, 94(Pt A):122-135.(IF=3.992)


研究背景:

通过基因型排序方法已经彻底改变了分子生态学领域,但它们在分子系统发育方面的应用仍然有限。此外,大多数基于大型GBS数据集的系统发育研究依赖于对连接数据的分析,而不是明确说明基因座间系谱随机性。


研究结果:

我们实现各种系统/方法和测试方法的效用不同类别的特征信息,包括SNPs, indels, 存在-缺失位点的数据集。我们也评估同源的衰变”ddRAD-seq位点增加样本之间的遗传差异和比较的程度gene-tree / species-tree两个属之间的一致性。

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图:使用ddRAD-seq数据进行系统发育分析




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